Редкий вид.
По данным, в конце 19 – начале 20 вв. была обычной гнездящейся птицей региона, последующие исследователи относили ее к редким или очень редким видам.
Везде редок, но на отдельных водоемах, например, оз. Рамза в Кирсановском районе в некоторые годы колонии насчитывают до 20–25 пар.
Подвижна до суетливости, любопытна и мало боится человека.
Голос. Чаще всего приходится слышать сипловатый короткий свист, оканчивающийся резкой «отсечкой», иногда сливающийся в щебечущую скороговорку.
Как правило, поселяется на небольших, сильно заросших водоёмах — например, пойменных озёрах и рыборазводных прудах. Предпочитает гнездиться группами. Птенцов воспитывают, возят на себе и кормят оба родителя. Питаются чёрношейные поганки в основном водными беспозвоночными, реже — мелкой рыбой.
Осложняют жизнь поганок: недостаток подходящих для гнездования крупных водоемов; прямое истребление; фактор беспокойства в гнездовой период; хищничество серых ворон.
Включена в Красную книгу Тамбовской области. Охраняется на территории государственного природного заповедника «Воронинский».
Необходима разъяснительная работа среди населения; выявление мест гнездования и их охрана в репродуктивный период.